Не переживайте, интегрированные системы управления бизнесом гибкие, они изначально такими задуманы. В принципе, гибкость и есть основа всего, потому что задача такой системы стоит в объединении всех процессов под одно управление. Советую вам проконсультироваться с разработчиками, если есть сомнения. Прямо на практике покажут, как системы могут меняться и подстраиваться, после такого вопросов не останется.